• Agence comptable 
  Indépendante, elle garantit la rigueur et la neutralité des paiements d’aides publiques. Elle est impliquée dans tous les processus métiers de l’Agence.
• Direction des soutiens directs agricoles (DSDA)
  Elle pilote l'ensemble des processus concourant à la mise en œuvre du Système intégré de gestion et de contrôle (SIGC) qui permet de réaliser le paiement des aides surfaciques et des primes animales de la PAC. 
• Direction du Développement rural et de la pêche (DDRP)
  Elle accompagne les projets agricoles et ruraux en lien avec les Régions et le ministère en charge de l'Agriculture avec la mise en œuvre du Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER).
• Directions de l'Emploi, de l'environnement et des politiques sociales (DIREEPS)
  Elle met en œuvre les politiques publiques confiées à l’ASP liées à l’emploi, la formation professionnelle, l’insertion et l’environnement.
• Direction du Numérique et des systèmes d'information (DNSI)
  Elle supervise l’informatique de l’Agence : gouvernance, développement, hébergement et sécurité des systèmes d'information.

Il regroupe trois directions :

• Directions des Ressources humaines (DRH)
  Elle accompagne et valorise les talents de l’ASP en recrutant, formant et soutenant les agents.
• Direction financière, juridique et logistique (DFJL)
  Elle pilote la gestion financière, assure la conformité juridique et optimise les moyens logistiques, pour un fonctionnement rigoureux et efficace de l’établissement.
• Direction de l'organisation et de la performance (DOP)
  Elle optimise les processus internes et la qualité des services, tout en plaçant l’écoute et la satisfaction des usagers au cœur de ses missions.

• Inspection générale
  Elle évalue les actions menées et conseille la direction pour améliorer la qualité et l’efficacité des services.
• Service d'audit interne
  Elle apporte un regard indépendant sur les activités de l’Agence, pour renforcer la maîtrise des opérations et générer de la valeur ajoutée.
• Mission de la communication et études (MCE)
  Elle déploie la stratégie de communication de l’Agence.
• Médiation
  Elle facilite le dialogue entre l’ASP et ses usagers en cas de litige, hors procédure judiciaire.
• Mission de la coordination des organismes payeurs des fonds agricoles (MCFA)
  Elle fédère et anime le réseau des quatre organismes français chargés de verser les aides de la Politique Agricole Commune (ASP, ODARC, FranceAgriMer et ODEADOM), en assurant la liaison avec la Commission européenne et la Cour des comptes pour garantir une gestion transparente et efficace des financements. 
• Service de certification européenne et actions internationales (SCEI)
  Il représente l’ASP auprès des instances européennes (Commission, Cour des comptes, Commission de certification) pour garantir la fiabilité des fonds agricoles et de la pêche (FEAMP). Il renforce aussi les partenariats internationaux avec les organismes payeurs européens, afin d’harmoniser les pratiques et d’améliorer la gestion des aides.

• le directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises ;
• le directeur des affaires financières, sociales et logistiques au ministère chargé de l’agriculture ;
• le directeur des affaires maritimes, de la pêche et de l’aquaculture ;
• le directeur général de la cohésion sociale ;
• le directeur de l’animation et de la recherche, des études et des statistiques ;
• le délégué général à l’emploi et à la formation professionnelle ;
• la cheffe du bureau des affaires budgétaires et financières au ministère de l’Intérieur et des Outre-Mer ;
• le directeur général de l’aménagement, du logement et de la nature ;
• la directrice du budget ;
• le directeur général des finances publiques ;
• la directrice générale des collectivités locales ;
• le directeur général des Outre-mer.

Établissements et organismes publics et d’organisations professionnelles partenaires

• le président de l’Assemblée permanente des chambres d’agriculture ;
• le président du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins ;
• le président de l’Établissement national des produits de l’agriculture et de la pêche (FranceAgriMer) ;
• le président de l’Office de développement de l’économie agricole d’outre-mer ;
• le directeur général de France Travail ;
• cinq personnalités choisies parmi les personnes proposées par les organisations syndicales d’exploitants agricoles représentatives mentionnées à l'article R. 514-39 du Code rural et de la pêche maritime, nommées par arrêté du ministre chargé de l’agriculture.